Wie kann man ein Auto in einem Autohaus bezahlen und dann auch abholen?

Bezahlung: Bar, EC-Karte oder per Überweisung (in der Regel VOR Abholung), ein paar wenige akzeptieren auch Scheck oder Kreditkarte.

Zulassung: Macht jeder Händler für dich gegen Bezahlung, auch deutschlandweit (kostet bei uns 149 Euro, egal wo das Auto zugelassen wird). Überführungskennzeichen haben Händler nicht, können sie aber besorgen. Deren rote Nummern wirst du aber nicht bekommen.

Zahlen kann man auch per Scheckkarte oder Scheck, wenn man den Kaufpreis nicht in bar mit sich herumschleppen will.

Größere Autohäuser erledigen die Zulassung auch in benachbarten Landkreisen.

Die roten Kennzeichen, die Autohäuser meistens haben, dürfen sie nicht an Dritte rausgeben. Falls der Händler daher die Zulassung nicht anbietet, nimmt man nach Bezahlung die Papiere in Empfang, begibt sich zu seiner Zulassungsstelle, meldet das Auto dort an und kehrt mit den Kennzeihenschildern zum Händler zurück. Der wird gern die neuen Nummernschilder am Auto anbringen, und dann kann man abfahren.

wie in einem anderen Fall hier auch, bloß kein Geld überweisen im Voraus mit etlichen Tausend €.

Schlimmstenfalls geht das in der Insolvenzmasse verloren.

Sonst gibt es erst ab ca. 20.000 € das Geldwäschegesetz, mit entsprechender Mittelherkunft aber kein Problem, es gibt viele Schausteller etc, die noch solche Summen bar zahlen.

Bei Neuwagen oder Gebrauchtwagen ? 

Dann muß man eben 2 x hin- & zurückfahren, mit Kurzzeit-Kennzeichen oder nach Aushändigung des Briefs (Zulassungsbescheinigung) dann zur Zulassung & mit den eigenen Kennzeichen nochmals zum Händler.

Händler haben rote 06x Kennzeichen.

Zulassung nebst Überführung wird meist extra berechnet, man streitet immer noch seit Jahrzehnten über diese Kosten.

Die Versicherungs-Deckungskarte heißt jetzt EVB-Nr. (elektronische Versicherungsbescheinigung).

Sonst gibt es auch Rentner, die zur Zulassungsstelle gehen für einige €

wie kann man denn sonst noch bezahlen?

Bar, Kreditkarte, Scheck, bankbeglaubigter Scheck, Rechnung, Vorabüberweisung.... usw.
Ich zahle grundsätzlich auf Rechnung, aber auch nur weil ich in den Autohäusern bekannt bin und man weiß, das man das Geld von mir ganz sicher bekommt.

denke ich eher das dies nur dann Zutrifft, wenn man auch in dem entsprechenden Landkreis wohnt.

denken hilft in dem Fall nicht,
da muss man den Betreffenden schon mal fragen..... Er wird wissen ob und wie oft in deinem Landkreis ein Fahrzzeug zulässt oder ob villeicht sogar ein Mitarbeiter in Deinem Landkreis wohnt.

Das wäre eine von vielen Möglichkeiten
Man kann sich auch Kurzzeitkennzeichen holen, das Auto beim Händler bezahlen und mit den Kurzzeitkennzeichen nach hause fahren und dann in seinem Kreisgebiet zulassen

Oder haben Händler sowas wie überführungskennzeichen?

Ja, durchaus möglich.....
das wären dann "rote Kennzeichen"

All das erklärt dir der Autohändler deines Misstrauens ausführlich. Prinzipiell kannst du per Überweisung zahlen.