Wer zahlt, wenn ein Neuwagen aufgebrochen wurde bevor ich die Papiere und die Schlüssel vom Autohaus erhalten habe um es anzumelden?

Hast Du schon die Übernahme schriftlich bestätigt auf dem Übernahmeprotokoll? Wenn ja, dann geht es auf Deine Kappe, wenn nein, dann Autohaus.

Derjenige, dem das Fahrzeug gehört, wie ja auch nach der Zulassung.

Die Übergabe von Schlüssel und Papieren spielen dafür keine Rolle. Wichtig ist, ob das Fahrzeug an sich schon übergeben wurde, was auch "nur auf dem Papier" passieren kann. Wenn du das Auto also schon bekommen hast (du also z.B. den Empfang quittiert hast), du mit dem Händler aber vereinbart hast, dass du das Auto noch auf seinem Hof stehen lassen darfst, dann ist es dein Risiko. Wenn das Auto aber nur schon beim Händler angeliefert ist und die Übergabe an dich noch nicht stattgefunden hat, dann muss der Händler bezahlen. Ausnahme: Du befindest dich im Abnahmeverzug. Heißt: Der Händler hat dich schon mehrfach aufgefordert, das Auto abzuholen, aber du machst es einfach nicht.

Ich nehme an das ist im Autohaus passiert. Sofern du das Auto noch nicht übernommen hast, haftet das Autohaus.
Sind Schäden am Fahrzeug entstanden, musst du es nicht abnehmen.