Pacht von Stadt- nebenan Eigentümer?

es existiert ein lang laufender Pachtvertrag von der Stadt über ein Grundstück mit einem kleinen Freizeithäuschen (selbst errichtet) darauf.

Dann hoffe ich nur, dass das wenigstens genehmigt respektive zulässig ist.

Direkt daneben verläuft die Grenze zum Nachbarn welcher als Eigentümer auf dem Grundstück wohnt.

Das wäre nämlich ohne nachbarliche Genehmigung auch unzulässig (Abstandsflächen) - zumindest dann, wenn Abstand zur Grenze < 3m.

Nun baute dieser eine alte Garage - ohne Einhaltung von 3m Abstand- zu Wohnzwecken um (ohne Baugenehmigung)

Schwarzbau, zudem auch nicht genehmigungsfähig, da nur Garagen genehmigungsfrei direkt an Grundstücksgrenzen errichtet werden können. Wird das Objekt aber nicht mehr als Garage genutzt, erlischt auch die diesbezügliche Befreiung. Anzeige bei der örtlich zuständigen Aufsichtbehörde erstatten (Bauamt bzw. Landratsamt). Konsequenz dürfte Rückbau oder Abrissverfügung sein.

und nutzt darüberhinaus mein Pachtland, um an dahinterstehende Räume zu gelangen.

Abmahnung schriftlich (Einwurfeinschreiben), im Wiederholungsfall Anzeige.

Muss ich das als Pächter dulden?

Nein, natürlich nicht.

Muss er auch 3m Abstand wie zwischen Eigentümern wahren?

Ja.

kann die Stadt als Verpächter eigenständig mir erklären, dass ich dies dulden muss?

Sofern - wovon auszugehen sein dürfte - der Pachtvertrag diesbezüglich keine Ausnahmen festlegt, nein.

Wende dich an den Kreis, der hat schon bei so manchem nicht genehmigten Bauvorhaben den Abriss, oder Rückbau verfügt.