Minusstunden durch Betriebsstörung?

Meine Frage ist nun, ob die fehlende Arbeitszeit nun auf dem Gleitzeit Konto uns abgerechnet werden darf.

Schlicht und einfach: Nein!

Der Arbeitgeber ist verpflichtet, für die vereinbarte Stundenzahl den Arbeitnehmer zu beschäftigen - das gehört zu seinen vertraglichen Hauptpflichten - und selbstverständlich auch zu bezahlen.

Beschäftigt der Arbeitgeber den Arbeitnehmer nicht ausreichend oder nicht wie vereinbart/angeordnet - gleichgültig, aus welchen Gründen (ob er nicht kann, z.B. wie im von Dir geschilderten Fall, oder nicht will, spielt keine Rolle, und auf ein "Verschulden" seinerseits kommt es nicht an) -, fallen die Konsequenzen aus der Minder- oder Nichtbeschäftigung ihm zur Last; es ist das Risiko des Arbeitgebers, das er nicht auf den Arbeitnehmer abwälzen darf!

Der Arbeitnehmer ist also trotzdem so zu bezahlen, als hätte er die vereinbarten, tatsächlich aber nicht gearbeiteten Stunden doch geleistet, und muss die Minusstunden auch nicht nacharbeiten oder mit seinen Ansprüchen (Entgelt, Urlaub usw.) verrechnen lassen.

Geregelt ist das im Bürgerliche Gesetzbuch BGB § 615 "Vergütung bei Annahmeverzug und bei Betriebsrisiko":

Kommt der Dienstberechtigte mit der Annahme der Dienste in Verzug, so kann der Verpflichtete für die infolge des Verzugs nicht geleisteten Dienste die vereinbarte Vergütung verlangen, ohne zur Nachleistung verpflichtet zu sein. [...] [Das gilt] entsprechend in den Fällen, in denen der Arbeitgeber das Risiko des Arbeitsausfalls trägt. [Anmerk.: Hervorhebung durch mich]

In Deinem Fall also fällt die Räumung des Betriebs wegen der Entschärfung einer Fliegerbombe in den Bereich des betrieblichen Risikos des Arbeitgebers, das alleine er zu tragen hat.

Das ist die rechtliche Situation; ob Du Dich damit aber durchsetzen kannst, kann ich Dir nicht beantworten; "Recht haben" und "Recht bekommen" sind leider viel zu oft zwei sehr verschiedene Dinge ...

die Zeit wird normal bezahlt, die "Pause" habt ihr nicht zu verantworten