Gilt bei gewerblich gemieteten Lagerräumen immer die vertraglich geregelte Kündigungsfrist oder kann in besonderen Fällen die gesetzliche angewendet werden?

Nach § 580 a Abs. 2 BGB können Sie oder Ihr Mieter den
Gewerberaum-Mietvertrag spätestens am 3. Werktag eines
Kalendervierteljahres für den Ablauf des nächsten Kalendervierteljahres
kündigen. Also mit einer 6-monatigen Kündigungsfrist zum
Kalendervierteljahr. Ihre Kündigungsfrist beläuft sich damit praktisch
auf mindestens 6 und maximal 9 Monate.

Auszug IVV:

In Geschäftsraummietverhältnissen ist die Kündigungsfrist
vorbehaltlich vertraglicher Vereinbarungen in § 580a Abs. 2 BGB,
geregelt. Ein Geschäftsraum ist anzunehmen, wenn der Raum den
Erwerbszwecken des Mieters dient (Lagerhalle, Werkstatt, Büro etc.).
Garagen
sind Geschäftsräume im Sinne von § 580a Abs. 2 BGB, wenn sie der Mieter
angemietet hat, um dort gewerblich genutzte Fahrzeuge oder Waren
unterzustellen oder wenn die Garage zum Zweck der Gewinnerzielung weiter
vermietet wird. Bei privat genutzten Garagen gilt die Kündigungsfrist
des § 580a Abs. 1 BGB. Die Kündigungsfrist hängt dann davon ab, ob eine
Tagesmiete, Wochenmiete oder Monatsmiete vereinbart wurde.

Für Geschäftsräume im Sinne des § 580a Abs. 2 BGB
gilt unabhängig von der Dauer des Mietverhältnisses und von der
Bemessung der Miete eine einheitliche Kündigungsfrist. Kündigungstag ist
der 3. Werktag eines Kalendervierteljahres. Kündigungstermin ist der
Ablauf des nächsten Kalendervierteljahres. Die Kündigungsfrist beträgt
damit sechs Monate, abzüglich der Karenztage. Hieraus ergeben sich
folgende Kündigungstage und Termine:

Zugang der Kündigung bis zum 3. Werktag des Monats
Januar: Kündigung zum 30.06.
April: Kündigung zum 30.09.
Juli: Kündigung zum 31.12.
Oktober: Kündigung zum 31.03

Die vorstehend genannten Kündigungsfristen gelten auch für den Fall, dass der Mieter das Geschäftsraummietverhältnis kündigt.

Fazit
Im Ergebnis sollten die
Vertragsparteien vor Ausspruch einer Kündigung ausführlich den
Vertragstext studieren, ob Kündigungshindernisse (Zeitmietvertrag,
Kündigungsausschlussvereinbarungen usw.) oder –erschwernisse
(Schriftform, Begründung, Zugangsform) vorliegen. Ist dies nicht der
Fall, ist auf die gesetzlichen Regelungen des BGB zurückzugreifen.

Bei Paragrafen zu Mietverträgen über Räume die keine Wohnräume sind gibt es den Satz

"Eine Vereinbarung zum Nachteil des Mieters ist unwirksam."

nicht.

Heißt, hier geht Vertrag vor Gesetz.

Leider hat der damalige Geschäftsführer bei der letzten
Vertragsverlängerung 2006 einer 3 monatigen Kündigungsfrist zugestimmt und den Vertrag so unterschrieben.

Nur 3 Monate oder 3 Monate zum Quartalsende?

Gewerbliche Objekte werden "normalerweise" mit einer festen Laufzeit vermietet. 

Ein ordentliches Kündigungsrecht ist dabei ausgeschlossen. Vor Ablauf der Frist wird der neue Mietzins verhandelt.