Darf SWM einen von mir gezahlten Abschlag teilweise als Mahnkosten verrechnen?

Du kannst der Verrechnung der Zahlung widersprechen und angeben, dass das nur die Hauptforderung ist.

Da du die Umstände nicht zu vertreten hast, befandest du dich nicht in Verzug und es wären daher auch keine Mahngebühren durchsetzbar.

Ist das so richtig?

Yep. Siehe § 367 Abs. 1 BGB.

In dem Fall musst du im im Überweisungszweck klar angeben wofür die Kosten sind, dann sind die Kosten so zu verrechnen, wie du es wünschst, oder die Zahlung ist zu verweigern ( = dir zurückzuüberweisen).