wie kann ich eine zweite steuernummer beantragen?

Aus meiner Sicht hast Du den Fehler gemacht einen zweiten Gewerbebetrieb anzumelden. Daher er neue Fragebogen zur steuerlichen Erfassung. Damit kann as Finanzamt Dir auch eine weitere Steuernummer vergeben, was aber völlig sinnlos ist.

Klüger wäre es gewesen (wovon Kollege @EnnoDerDritte auch ausging), einfach das Gewerbe zu erweitern und fertig.

In den Steuererklärungen fließt es sowieso zusammen und nur wenn der zweite Betrieb in einer anderen Gemeinde wäre, könnte sich eine Bedeutung ergeben. Und selbst dann wäre es für die Gewerbesteuer über die Zerlegung zu machen.

und brauche einen zweiten für den Online-Handel. 

Nein.